شرکت مهندسان مشاور همپا بهینه در طول مدت فعالیت خود افتخار همکاری با موسسات، دانشگاه ها و مراکز علمی پژوهشی متعددی را داشته است. در ذیل به تعدادی از این مراکز اشاره می‌شود:
- آزمایشگاه کانساران بینالود
- آزمایشگاه خاک آزما
- آزمایشگاه زرآزما
- آزمایشگاه کان‌پژوه
- آزمایشگاه پژوهشگران شیمی
- آزمایشگاه و پژوهشکده وزارت نیرو
- موسسه تحقیقات ساختمان و مسکن
- موسسه آموزشی پژوهشی وزارت صنایع و معادن
- دانشگاه صنعتی امیرکبیر
- دانشگاه تهران
- دانشگاه تربیت معلم
- دانشگاه تربیت مدرس
- دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران جنوب
- دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات
- دانشگاه صنعتی شاهرود
- شرکت معدن پردازش
- سازمان سنجش از دور کشور
- آزمایشگاه سازمان زمین‌شناسی و اکتشافات معدنی کشور
